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Todo análisis de muestras inorgánicas o biológicas requiere métodos especiales de preparación, con el fin de obtener resultados confiables al analizarlas en los microscopios electrónicos de barrido. La instrumentación utilizada para este fin, es la siguiente:

• Sputter coater: recubre la muestra con una capa monomolecular de oro o carbón, con el fin de volverla conductora.
• Freeze dryer: elimina el agua presente en muestras biológicas y mantiene su estructura física para análisis microscópico.
• Critical point dryer: en muestras sensibles a la técnica de freeze drying, se utiliza este método para deshidratar la muestra biológica, preservando su estructura física.